6月1日拍摄的京报馆旧址（邵飘萍故居）。新华社记者张晨霖摄
然而，他的言论在促进民智觉醒的同时，也为自己的命运埋下了悲壮的伏笔。
1923年二七惨案后，中共在北方的力量受到很大削弱，革命陷入低潮。为迎接大革命高潮的到来，中共专门讨论了“大量吸收革命知识分子”等议题。1924年7月，北京团地委停止活动并进行整顿，重新登记团员，同年11月恢复工作后，贺恕、罗章龙、范鸿劼等先后担任地委书记或委员。他们多为北大等校的学子，有的还是邵飘萍的学生。此时，邵飘萍与李大钊、高君宇、陈乔年、赵世炎等中共北方地区重要人物之间的了解日渐加深，与共产党组织走得越来越近。
1924年9月，第二次直奉战争爆发。不久，冯玉祥突然倒戈，发动北京政变，软禁贿选总统曹锟，通电呼吁和平，邀请孙中山等人北上。邵飘萍对此予以极大关注，《京报》特别为之助阵。冯玉祥痛感督军内部缺乏政治人才，暗中物色能与他合作的人。恰在此时，邵飘萍进入了他的视线，冯玉祥亲聘他为高级顾问。
邵飘萍1925年加入了中国共产党，尽管他的身份在当时并不为外界所知。他的入党介绍人之一是中国共产党的主要创始人之一李大钊。但与普通党员不同的是，他是秘密党员——仅与个别领导人保持单线联系，一般不参加地方党的活动。这位特殊党员，被赋予“特别的工作任务”：一是宣传，二是情报。
